Como dar à posição zero do spinner um valor de prompt?

Você está obtendo os dados do db em al Lista de Matriz. Então você pode fazer o seguinte

al.add(0, "YOUR MESSAGE");

Ele adiciona a string YOUR MESSAGE em 0th índice.

Inserts the specified element at the specified position in this list. Shifts the element currently at that position (if any) and any subsequent elements to the right (adds one to their indices).

Depois disso passe a lista para arrayadapter

ArrayAdapter<String> aa1 = new ArrayAdapter<String>(
            getApplicationContext(), android.R.layout.simple_spinner_item,
            al);

    spn.setAdapter(aa1);

Por favor, verifique ArrayList

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Aqui está o código

public void loadtospinner() {

    ArrayList<String> al = new ArrayList<String>();

    Cursor c = SQLcon.readData();
    c.moveToFirst();
    while (!c.isAfterLast()) {

        String name = c.getString(c.getColumnIndex(DBhelper.MEMBER_NAME));
        String calories = c.getString(c
                .getColumnIndex(DBhelper.KEY_CALORIES));

        al.add(name + ", Calories: " + calories);

        c.moveToNext();
    }

    al.add(0, "YOUR MESSAGE");    // do this after while loop and that's it. 


    ArrayAdapter<String> aa1 = new ArrayAdapter<String>(
            getApplicationContext(), android.R.layout.simple_spinner_item,
            al);

    spn.setAdapter(aa1);

    // closing database
    SQLcon.close();

}