Você deu uma olhada no CouchBase Server e no CouchBase Lite?
Eles fornecem uma ferramenta poderosa chamada SyncGateway que trata para você de toda a sincronização e fusão dos dados entre o servidor e o banco de dados interno. Você não precisa codificar nada em seu aplicativo móvel para a sincronização.
Couchbase Lite está disponível para iOS e Android. Há também um plugin para Cordova/PhoneGap disponível.
Nunca tive problemas para compilar, apenas para iOS lembre-se de compilar para iOS6+, não funciona com iOS5