Por fim, "resolva" o problema compilando da fonte postgis 2.2.2 (que também requer gdal, proj4 e geos) e, em seguida, emitindo
CREATE EXTENSION postgis;
CREATE EXTENSION postgis_topology;
desde
DROP EXTENSION postgis; me diz que o postgis não estava mais presente. E finalmente:
ALTER EXTENSION postgis UPDATE TO '2.2.2';
ALTER EXTENSION postgis_topology UPDATE TO '2.2.2';
Tive acesso novamente aos meus dados e funções geom do PostgreSQL 9.4. Parece que a compilação da fonte atualizou corretamente o caminho da variável para postgresql e instalou /usr/lib/postgresql/9.4/lib/postgis-2.2.so que não estava mais presente (para postgis-2.1.so também), mesmo com (re)instalando a partir do apt-get.
Espero que isso ajude.
