Muito provavelmente existem algumas consultas que criam grandes arquivos temporários que enchem seu disco rígido temporariamente. Esses arquivos serão excluídos assim que a consulta for concluída (ou falhar), para que o sistema de arquivos tenha espaço livre suficiente quando você olhar.

Defina log_temp_files = 10240 em postgresql.conf (e recarregue) para registrar todos os arquivos temporários com mais de 10 MB, então você pode verificar o arquivo de log para ver se esse é realmente o motivo.

Tente identificar as consultas ruins e corrigi-las.

Se os arquivos temporários não forem o problema, talvez as tabelas temporárias sejam. Eles são descartados automaticamente quando a sessão do banco de dados termina. Seu aplicativo usa tabelas temporárias?

Outra possibilidade pode ser arquivos criados por algo diferente do banco de dados.