Você pode usar o operador de concatenação da seguinte maneira:
UPDATE devices SET
data = data::jsonb || '{"disk_alert": false, "temepratures_alert": false}',
modified_date = NOW()
WHERE id=$1 AND NOT deleted;
UPDATE devices SET
data = data::jsonb || '{"disk_alert": false, "temepratures_alert": false}',
modified_date = NOW()
WHERE id=$1 AND NOT deleted;