Esta é uma pergunta muito ampla, mas a abordagem usual para a compatibilidade com vários bancos de dados é dupla:
- Coloque todas as suas instruções SQL em arquivos de recursos e carregue o recurso apropriado em tempo de execução
- Onde as estruturas de instrução ou lógica diferem (exigindo parâmetros diferentes, etc.), escreva a lógica para ambos os bancos de dados e escolha o caminho correto dependendo do banco de dados que você está usando.
Algumas camadas de abstração de banco de dados (Hibernate, Spring JDBC) podem ajudar muito no trabalho, mas você ainda precisará estar muito ciente das diferenças e do código para elas.
