Primeiro, você pode considerar realizar seu mapeamento xml dentro do próprio Postgres usando o funções . Dois benefícios disso são que sua funcionalidade de abstração de dados permanece unida e que o Postgres é muito melhor otimizado para executar essa tarefa com eficiência do que o php. Se você tiver que fazer qualquer modificação de nível superior do xml, xslt deve fazer o truque.

Quanto ao problema que você mencionou, não tenho certeza se você está se referindo aos dados da tabela tendo uma relação hierárquica?