Meu problema na verdade não tinha nada a ver com a sequela ou a configuração do meu aplicativo. Meu arquivo package.json estava usando app.js em vez de bin/wwww para npm start. Assim app.js e models/index estavam sendo chamados, mas não o servidor real em bin/www. Qualquer um que queira resolver esse problema com uma falha imediata nos logs do heroku, aqui está minha sugestão. Coloque alguns console.log() em seu servidor de aplicativos ou arquivos de aplicativos e veja o que é chamado. Quando a chamada para, é aí que reside o seu problema.