PostgreSQL
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Runtime.getRuntime().exec para passar o parâmetro quando solicitado


Você pode abrir o OutputStream do processo e passar a senha que será lida pelo servidor como se você tivesse digitado vindo de STDIN. 
final Process startServer = Runtime.getRuntime().exec("PostgreQL -D data/dir/ start");
PrintStream ps = new PrintStream(startServer.getOutputStream());
ps.println(passPhrase);