Se você usar a bandeira
PlayKeys.externalizeResources := false
o zip de distribuição é criado sem conf pasta e, portanto, o arquivo META-INF/persistence.xml não está incluído. Eu acho que neste caso o Play detecta o modelo JPA verificando todas as anotações do banco de dados. Se você tiver em conf arquivos de configuração de pasta, que se destinam a edição no local, pacote de distribuição sem conf pasta não é apropriada.
Para corrigir seu problema de banco de dados sem o sinalizador PlayKeys.externalizeResources você deve adicionar seu mapeamento de modelo de banco de dados em persistence.xml . Veja o exemplo em outro resposta
