TRUNCATE precisa criar um novo arquivo (vazio) para a tabela, o que provavelmente causa seu problema. Você pode DROP a tabela e recriá-la. Outra maneira mais complicada seria
DELETE FROM table_name;
VACUUM table_name; -- no FULL!
Enquanto
VACUUM normalmente não reduz a tabela, ele truncará as páginas vazias do final da tabela. Se a tabela estiver vazia, isso removerá todas as páginas. 
