Acho que o que você está procurando aqui é isolamento, não atomicidade. Você pode definir todas as transações para o nível de isolamento mais alto, serializável (que é maior que o nível padrão usual). Com esse nível, se os dados lidos por uma transação (e presumivelmente confiados) forem alterados, quando ela tentar confirmar, poderá receber um erro de falha de serialização. Eu digo "pode", porque o sistema poderia concluir que a situação seria consistente com a mudança de dados que ocorreu após o commit, caso em que o commit pode permanecer.