O erro que você mencionou pode ter várias causas:

1. 
   Você modificou o postgresql.conf aceitar conexões TCP/IP de entrada? Verifique os listen_addresses parâmetro.
   
2. 
   Você modificou o pg_hba.conf ? Aqui você precisa configurar um método de autenticação para DeepDive e/ou a definição do driver jdbc.
   
3. 
   Por fim, o DeepDive pode se conectar ao banco de dados ao qual pretende se conectar com as credenciais que você forneceu (ou a definição do driver jdbc)?
   

Ambos os arquivos de configuração estão em seu diretório $PGDATA, normalmente /etc/postgresql/9.3/main.

Observe que psql faz logon usando os soquetes unix por padrão (a menos que você especifique -h host_ip) e o jdbc usa uma conexão TCP/IP. Tente psql sobre TCP/IP para ver se funciona. Se não, trabalhe em 1, depois em 2. Se funcionar, trabalhe em 2, depois em 3.