Índices nas colunas pk referenciadas nas outras tabelas não o cubra.

Ao definir as duas colunas fk como chave primária composta da tabela "entidade associativa" (como você deve fazer na maioria dos casos - desde que as associações sejam exclusivas), você cria implicitamente um índice de várias colunas.

Isso abrange todas as consultas envolvendo ambas ou as primeiras colunas de forma otimizada.
Também abrange consultas na segunda coluna , mas de forma menos eficaz.
Se você tiver consultas importantes envolvendo apenas a segunda coluna, crie um índice adicional nessa coluna também.

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