IMHO o maior problema com a hibernação são:1. Problemas de desempenho em comparação com Raw JDBC em grandes volumes de dados.2. questões complexas de mapeamento quando se trata de gráficos de objetos grandes e tal. você gastaria muito tempo configurando seu modelo de domínio para funcionar corretamente com a hibernação.

a outra alternativa para você é usar as estruturas JDBC do Spring que dariam a você os recursos de serialização de objetos do hibernate com um controle mais refinado sobre as consultas JDBC e é mais escalável e, na minha opinião, muito mais fácil de desenvolver