Pré-processe o arquivo CSV ou (o que eu provavelmente faria) importe para uma cópia temporária da tabela de destino e
INSERT
apenas colunas selecionadas em uma segunda etapa:CREATE TEMP TABLE tmp AS SELECT * FROM target_table LIMIT 0;
ALTER TABLE tmp ADD COLUMN etra_column1 text
, ADD COLUMN etra_column2 text; -- add excess columns
COPY tmp FROM '/path/tp/file.csv';
INSERT INTO target_table (col1, col2, col3)
SELECT col1, col2, col3 FROM tmp -- only reelvant columns
WHERE ... -- optional, to also filter rows
Uma tabela temporária é descartada automaticamente no final da sessão. Se o processamento demorar mais, use uma tabela normal.