Como o comentário disse, você pode usar
fragment/1 :query = from t in <Model>, select: fragment("SUM(CASE WHEN status = ? THEN 1 ELSE 0 END)", 2)
Se você quiser especificar a tabela, isso funciona para mim:
query = from t in <Model>, select: fragment("SUM(CASE WHEN ? = ? THEN 1 ELSE 0 END)", t.status, 2)
