Eu não posso te dizer como isso é feito no Hibernate, mas abrir e ler/escrever um objeto grande tem que acontecer dentro da mesma transação de banco de dados.

Desativar o modo de confirmação automática deve resolver o problema, talvez você tenha feito algo errado.

Mas posso sugerir que você não use objetos grandes?
Geralmente é muito mais fácil usar o bytea Tipo de dados PostgreSQL, que pode conter dados de até 1 GB de tamanho. A menos que você armazene e recupere os dados em partes, objetos grandes não oferecem nenhuma vantagem, e duvido que você possa explorar totalmente a funcionalidade de objetos grandes com um ORM de qualquer maneira.