Como você cria um array Postgresql JSONB no índice do array?

É um índice GIN o que você quer?

Parece que primeiro você precisa organizar os IDs em um formato mais tratável. Estou mais familiarizado com Python do que com as formas do PostgreSQL de manipular JSON, então usei PL/Python para esse propósito.

   DROP TABLE IF EXISTS ids;

CREATE TABLE ids (user_id integer, a jsonb);

INSERT INTO ids VALUES 
    (1, '{"b": [{"ids": [1, 2, 3, 4]}, {"ids": [2, 3, 4]}, {"ids": [1, 2, 4]}]}'),
    (2, '{"b": [{"ids": [2, 3, 4]}]}'),
    (3, '{"b": [{"ids": [4, 5, 6]}, {"ids": [6, 7, 8]}]}');

CREATE OR REPLACE FUNCTION extract_ids(a_json jsonb) 
RETURNS int[] AS
$BODY$
    import json
    s = set()
    a = json.loads(a_json)
    for key in a.keys():
        for id_set in a[key]:
            s.update(id_set['ids'])
    return(list(s))
$BODY$ LANGUAGE plpythonu IMMUTABLE;

SELECT user_id, extract_ids(a)
FROM ids;

CREATE INDEX ON ids USING gin (extract_ids(a));

SELECT user_id 
FROM ids
WHERE ARRAY[3] <@ extract_ids(a);