Puta merda, eu realmente descobri isso sozinho. Só tive que remover a junção na definição do método:
def self.from_users_followed_by(user)
followed_user_ids = user.followed_user_ids
where("user_id IN (?) OR user_id = ?", followed_user_ids, user)
end
user.followed_user_ids.join(', ')
produz isso:"1, 2, 3" enquanto
user.followed_user_ids
produz isso:1, 2, 3 que é o que eu queria.