Só para informar o que aconteceu com meu problema. O problema era o FUSO HORÁRIO . Não sei exatamente por que, mas R ou alguns dos pacotes que usamos para nossos cálculos exigem que o fuso horário seja o mesmo.

Estou localizado na Alemanha (fuso horário CET que é +1 UTC ) e eu estava configurando minha máquina virtual para usar UTC e, portanto, o problema. Oh cara, estou muito feliz em resolver este problema (3 dias seguidos trabalhando nisso!), mas agora está tudo bem! Um enorme obrigado ao meu colega @Ralf pela dica!

Outros problemas relacionados:1 , 2 , 3 .Espero que isso ajude alguém! :)