Provavelmente, a maneira mais fácil de fazer isso é recriar todo o banco de dados. No Ubuntu, fica assim:
sudo su postgres
psql
drop database your_database_name;
create database your_database_name with owner user_you_use_in_django;
\q
exit
É isso. Você tem banco de dados limpo. Para deixá-lo pronto, você precisa executar migrações com
python manage.py migrate . Se você estiver trabalhando apenas em seu projeto, poderá excluir e recriar migrações, se desejar.
