Fazer isso uma vez pode ficar assim:
CREATE TEMP TABLE tmp_x (nr int);
COPY tmp_x FROM '/absolute/path/to/file';
DELETE FROM mytable d
USING tmp_x
WHERE d.mycol = tmp_x.nr;
DROP TABLE tmp_x;
Para uso repetido, envolva-o em uma função plpgsql com caminho do arquivo / nome da tabela / nome da coluna como parâmetros. Se o nome da tabela ou coluna for dinâmico, você deve usar EXECUTAR para o
DELETE
.