Basta adicionar
server_default ou default argumento para os campos da coluna:created_on = db.Column(db.DateTime, server_default=db.func.now())
updated_on = db.Column(db.DateTime, server_default=db.func.now(), server_onupdate=db.func.now())
Eu prefiro o
{created,updated}_on nomes de colunas.;) Documentos SQLAlchemy sobre padrões de inserção/atualização de coluna .
[Editar]: Código atualizado para usar
server_default argumentos no código. [Editar 2]: Substituído
onupdate com server_onupdate argumentos. 
