Eu me deparei com o mesmo problema e consegui resolvê-lo seguindo estas duas etapas:

• 
  definindo o nível de isolamento adicionando estas instruções:config.setDefaultTransactionIsolation("READ UNCOMMITTED");
  
• 
  confirmar todas as transações antes de fechar.
  

Não tenho certeza de qual resolveu o problema ou se ambos são necessários.