Eu precisava instalar o Npgsql assim:
Install-Package Npgsql.EF6 -Pre
Ele instala uma versão diferente que funciona.
UPDATE:Descobri que para a versão beta mais recente você pode escrever
install-package Npgsql.EntityFramework -pre
Install-Package Npgsql.EF6 -Pre
install-package Npgsql.EntityFramework -pre