Flask-SQLAlchemy Lower Case Index - ignorando funcional, não suportado pela reflexão SQLAlchemy

Você precisaria adicionar o UNIQUE INDEX manualmente usando execute do alambique método. Adicione algo assim ao seu script de migração.

from alembic import op
# ...

def upgrade():
    # ...
    op.execute(
        """ CREATE UNIQUE INDEX users_normalized_username
            ON users
            (lower(username))
        """
    )

def downgrade():
    # ...
    op.execute("DROP INDEX users_normalized_username")

Você também pode adicionar uma ColumnProperty então você tem acesso à representação normalizada do username .

from sqlalchemy import Column, String, func, orm

class User(Base):
    __tablename__ = 'users'

    username = Column(String(32))
    normalized_username = orm.column_property(func.lower(username))

    # ...

Isso não criará uma coluna extra em seu banco de dados, mas você poderá consultar e comparar com ela.

session.query(User).filter(User.normalized_username == func.lower(username)).first()