Primeiro, consulte https://jdbc.postgresql.org/documentation/83/query.html#query-with-cursor.
Resolvi assim.
(jdbc/with-db-transaction [tx connection]
(jdbc/query tx
[(jdbc/prepare-statement (:connection tx)
"select * from mytable"
{:fetch-size 10})]
{:result-set-fn (fn [result-set] ...)}))
onde
:result-set-fn é uma função que consome o conjunto de resultados lento. with-db-transaction cuida do autoCommit definido como false .:fetch-size não é passado de query então você tem que fazer uma prepare-statement você mesma.