A comparação de strings é mais lenta que a comparação de int. No entanto, isso não importa se você simplesmente recuperar um usuário do banco de dados usando o endereço de e-mail. Não importa se você tiver consultas complexas com várias junções.
Se você armazenar informações sobre usuários em várias tabelas, as chaves estrangeiras para a tabela de usuários serão o endereço de e-mail. Isso significa que você armazena o endereço de e-mail várias vezes.