Qual é o nome da instância MSSQL que você está usando?

Se você não especificar o nome da instância e se conectar como "server.com", o nome da instância padrão será usado "MSSQLSERVER", mas o nome da instância do seu servidor MSSQL pode ser "MSSQLSERVER2012" ou "SQLEXPRESS" e, neste caso, você deve se conectar como "server.com\MSSQLSERVER2012" ou "server.com\SQLEXPRESS"

Você pode verificar o nome da instância em "Gerenciador de configuração do servidor SQL":

Caso o nome da instância esteja OK, verifique se as conexões de rede remotas estão "Habilitadas" para endereços IP especificados (mas preste atenção às ameaças de segurança):

Nota de segurança

Quando você permite conexões remotas ao servidor MS SQL, significa que o servidor SQL irá estar aberto para ataques de força bruta de senha, ataques de negação de serviço (DoS), qualquer tipo de ataque de exploração.

Todos esses tipos de ataques podem desacelerar todo o seu servidor.