SQLyog
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Wait_timeout do MySQL incorreto no SQLyog


Resposta bônus:eu passei pelo código-fonte do sqlYog.

É um feature :se a configuração de tempo limite > 28800 , é codificado para alterar o tempo limite da sessão para 28800 em CommonHelper.cpp . 
3314   //Session wait_timeout3315   timeout = conn->m_strwaittimeout.GetAsUInt32();
3316 
3317   if(timeout > 28800 || timeout <= 0)
3318     conn->m_strwaittimeout.SetAs("28800");
3319 
3320   strtimeout.Sprintf("/*!40101 set @@session.wait_timeout=%s */", conn->m_strwaittimeout.GetString());
3321   mysql_options(*pmysql, MYSQL_INIT_COMMAND, strtimeout.GetString());

Isso explica o que você está vendo.