Primeiro, verifique se você tem uma tabela chamada assim:
select * from information_schema.tables where table_schema = 'MyDatabase' and table_name = 'user';
`user´ é uma palavra-chave reservada, então você precisa citar o nome da sua tabela com acentos graves.
UPDATE
MyDatabase.`user`
SET
MyDatabase.`user`.registeredAt = NOW()
WHERE
MyDatabase.`user`.id = 3;
Quando o nome do banco de dados também precisar ser citado, não inclua o nome do banco de dados e o nome da tabela.
Isto está errado:
`databasename.tablename`
Isso está certo:
`databasename`.`tablename`
