Para o ubuntu (eu usei o ubuntu 12.04), a configuração padrão do phpmyadmin apache pode ser encontrada em
/etc/phpmyadmin/apache.conf Você pode abri-lo digitando
sudo nano /etc/phpmyadmin/apache.conf e altere o terceiro Alias /yournewalias /usr/share/phpmyadmin
Não se esqueça de reiniciar o serviço apache,
sudo service apache2 restart
