Aqui está a resposta caso alguém pesquise e encontre a página.

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Eu encontrei um bug horrendo na configuração de recursos avançados:

Os scripts de tabela de construção exigem a criação de tabelas no formato "pma__tablename" enquanto o script de configuração deseja carregar tabelas no formato "pma_tablename". A diferença não é aparente, mas o script sql do arquivo de compilação tem dois sublinhados. PhpMyAdmin reclamaria que a tabela já existia e não construiria a tabela. Me deixou louco até que encontrei um post para esse efeito.

Fiz uma busca por "pma__" e substituí tudo por "pma_" e executei o script de compilação de tabelas e tudo se acalmou.

PhpMyAdmin 4.3.6 agora está rodando sem problemas no meu sistema local.

Desculpe pelo alarme falso, mas a mensagem de erro me enviou na direção errada.