Apenas uma observação se alguém estiver executando problemas semelhantes:
Eu tive um problema semelhante --- Inserir consulta trabalhando no PHPMyAdmin, mas não funcionando no PHP e não emitindo nenhum erro (o resultado foi true o tempo todo).
O motivo é que eu estava iniciando uma transação, mas esquecendo de confirmá-la...
$mysqli->autocommit(FALSE);
$mysqli->query( "START TRANSACTION" );
Nunca se esqueça disso:
$mysqli->commit();
É um erro bobo, eu sei, mas eu estava tão focado no mistério da consulta que esqueci as instruções de transação algumas linhas acima.