As chaves estrangeiras no MyISAM são apenas para fins consultivos. Você pode olhar para eles para ver onde a integridade referencial seria ser, se houver. É mais fácil entender o esquema dessa maneira do que adivinhar as relações observando os índices criados como efeito colateral.

Não sei por que desapareceria no phpMyAdmin, a menos que seja um problema de configuração (acredito que a visualização possa ser desabilitada)?