Você pode tentar usar o console mysql.

1. Execute cmd comando
2. Digite c: ou d: no prompt de comando. Isso será baseado em suas instalações de servidor WAMP.
3. Supondo que você tenha instalado o wamp na unidade D:.
4. D:\>cd wamp
5. D:\wamp>cd bin
6. D:\wamp\bin>cd mysql
7. D:\wamp\bin\mysql>cd mysql15.1.36
8. D:\wamp\bin\mysql\mysql15.1.36>cd bin
9. D:\wamp\bin\mysql\mysql15.1.36\bin>mysql.exe -u root
10. use database
11. source source.sql

Basicamente, você faz login no mysql, use database determina qual banco de dados você deseja usar, source /source/to/source.sql determina qual sql você deseja executar. Bem fácil e eficiente.