Eu faria uma explicação para que você possa ver o que o mysql faz. Isso daria uma boa indicação de quantas linhas são usadas.
EXPLAIN SELECT * FROM likes LEFT OUTER JOIN uploads on likes.upload_id = uploads.upload_id WHERE uploads.upload_id IS NULL
você também pode usar outro navegador ou outra sessão para usar show processlist para ver como a consulta é executada.
