Eu tive o mesmo problema usando phpMyAdmin com xampp.
para corrigir, vá para
xampp > phpMyAdmin > themes > pmahomme > css
abra o seguinte arquivo com seu editor de texto
codemirror.css.php
e adicione a seguinte linha na parte inferior do arquivo
.CodeMirror pre {font-size:1.4em;}
Agora salve o arquivo e isso deve fazê-lo!
(se o phpMyAdmin estiver usando um tema diferente do pmahomme, basta adicionar essa linha
de código para cada arquivo codemirror.css.php que você encontrar!