Se você já instalou o MySQL e não executou um desligamento lento usando o

innodb_fast_shutdown

Flag, basta ir ao seu diretório MySQL

/var/lib/mysql/

E remova os arquivos de log (Não faça isso se você precisar dos dados da tabela em seu banco de dados até você fez backup de seu banco de dados):

ib_logfile0 ib_logfile1

Faça backup deles antes se você precisar deles novamente.