Em qualquer caso, você pode conhecê-lo:
mysql> select @@datadir;
+----------------------------------------------------------------+
| @@datadir |
+----------------------------------------------------------------+
| D:\Documents and Settings\b394382\My Documents\MySQL_5_1\data\ |
+----------------------------------------------------------------+
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Obrigado Barry Galbraith do fórum do MySql http://forums. mysql.com/read.php?10,379153,379167#msg-379167