mude localhost para 127.0.0.1 em /etc/phpmyadmin/config.inc.php
$cfg['Servers'][$i]['host'] = '127.0.0.1';
A razão para isso é que o pma tenta se conectar ao mysql.socket se você usar localhost. Se você usa 127.0.0.1, o PMA faz uma conexão TCP que deve funcionar.