Você não pode fazer isso com apenas um único comando MySQL, mas você pode usar o MySQL para construir a instrução para você:
No shell do MySQL ou por meio do PHPMyAdmin, use a seguinte consulta
SELECT CONCAT( 'DROP TABLE ', GROUP_CONCAT(table_name) , ';' )
AS statement FROM information_schema.tables
WHERE table_name LIKE 'myprefix_%';
Isso gerará uma instrução DROP que você pode copiar e executar para descartar as tabelas.
EDIT:Um aviso aqui - a instrução gerada acima descartará todas as tabelas em todos os bancos de dados com esse prefixo. Se você quiser limitá-lo a um banco de dados específico, modifique a consulta para ficar assim e substitua database_name pelo seu próprio database_name:
SELECT CONCAT( 'DROP TABLE ', GROUP_CONCAT(table_name) , ';' )
AS statement FROM information_schema.tables
WHERE table_schema = 'database_name' AND table_name LIKE 'myprefix_%';
