Atualizar
Para remover completamente a depuração, use:
var io = require('socket.io').listen(app, { log: false });
Onde
app é node.js http server/express etc. Você esqueceu de mencionar que também está usando o socket.io. Isso vem do socket.io. Você pode desabilitar isso pela configuração:
io.set('log level', 1); // reduce logging
