Ao usar map/reduce, você sempre terá
{ "value" : { <reduced data> } }
Para remover o
value você terá que usar um finalize função. Aqui está o mais simples que você pode fazer para copiar dados de uma coleção para outra:
map = function() { emit(this._id, this ); }
reduce = function(key, values) { return values[0]; }
finalize = function(key, value) { db.collection_2.insert(value); }
Então, quando você executaria normalmente:
db.collection_1.mapReduce(map, reduce, { finalize: finalize });
