Você está usando o RESTadapter... quando está salvando deseja serializar todos os relacionamentos incorporados?
Quando você estiver salvando ou atualizando seu registro passe no hash de opções para o método toJSON com
{associations: true}
Dê uma olhada nos testes de unidade em ember-data para exemplos:https://github.com/emberjs/data/blob/master/packages/ember-data/tests/unit/to_json_test.js
deepEqual(record.toJSON({ associations: true }),
{ id: 1, name: "Chad", phone_numbers: [{
id: 7,
number: '123'
},
{
id: 8,
number: '345'
},
{
id: 9,
number: '789'
}
]},
"association is updated after editing associations array");
});
Espero que isto ajude..