MongoDB atualiza vários subdocumentos com ou consulta

Você recebeu este erro

devido à sua segunda consulta corresponder a vários subdocumentos . Atualmente não é possível usar o operador posicional para atualizar todos os itens em uma matriz usando o operador posicional.

então para resolver seu problema você pode seguir este processo

Encontre o documento usando _id e encontre o subdocumento usando $elemMatch e depois
atualize cada subdocumento e salve o documento novamente

pode tentar assim:

db.deduplications.find(  
{ $or: [ {
         "_id": ObjectId("583fc558668bde730a460e11") , 
        "DeviceVersionPairs":{
            $elemMatch:{ "DeviceId": ObjectId("5822d0606bfdcd6ec407d9b9") , 
            "CloudFolderId": ObjectId("5823110e6bfdd46ec4357582") ,
            "DeviceVersionPairs.CloudFileId": ObjectId("582311168cd396223499942a") ,
            "DeviceVersionPairs.VersionId": ObjectId("582311168cd396223499942b") }}
    } ,   
    { 
        "_id": ObjectId("583fc558668bde730a460e11") , 
        "DeviceVersionPairs":{
            $elemMatch:{ "DeviceId": ObjectId("56dfe1356caaea14a819f1e4") , 
            "CloudFolderId": ObjectId("583fb4bc6e7f341874f13bfc") , 
            "CloudFileId": ObjectId("583fb539e015b8a53fb71872") , 
            "VersionId": ObjectId("583fb4ca6e7f331874213584") }}
    } ] 
}).forEach(function (doc) {
    doc.DeviceVersionPairs.forEach(function (device) {
      device.status = 'passive';
    });
    db.deduplications.save(doc);
 });