Você pode usar o pipeline de agregação abaixo.
$lookup para preencher o agente seguido por $reduce e $concatArrays para coletar todos os IDs do cliente e $lookup para obter os detalhes do cliente.
$addFields com $map para iterar o array de missão e para cada cliente mapear as informações do cliente do estágio anterior por pesquisa por ID do cliente e $mergeObjects para manter os outros campos. $project stage para remover os campos extras.
Mongo db 3.6 e superior
Model.aggregate([
{"$lookup":{
"from":"agents",
"localField":"agent",
"foreignField":"_id",
"as":"agent"
}},
{"$addFields":{"agent":{"$arrayElemAt":["$agent",0]}}},
{"$addFields":{
"client_ids":{
"$reduce":{
"input":"$missions",
"initialValue":[],
"in": {"$concatArrays":["$$value","$$this.clients.client"]}
}
}
}},
{"$lookup":{
"from":"clients",
"localField":"client_ids",
"foreignField":"_id",
"as":"client_info"
}},
{"$addFields":{
"missions":{
"$map":{
"input":"$missions",
"in":{
"$mergeObjects":[
"$$this",
{"clients":{"$map":{
"input":"$$this.clients",
"in":{"$mergeObjects":[
"$$this",
{"client":{"$arrayElemAt":[
"$client_info",
{"$indexOfArray":["$client_ids","$$this._id"]}
]}}
]}
}}}
]
}
}
}
}},
{"$project":{"client_ids":0,"client_info":0}}
])
Mongo db inferior a 3,6
$lookup para preencher o agente seguido de $unwind para alcançar o cliente e procurar para obter os detalhes do cliente. Retroceda com $group para trazer de volta à estrutura original com valores preenchidos.
Model.aggregate([
{"$lookup":{
"from":"agents",
"localField":"agent",
"foreignField":"_id",
"as":"agent"
}},
{"$addFields":{"agent":{"$arrayElemAt":["$agent",0]}}},
{"$unwind":"$missions"},
{"$unwind":"$missions.clients"},
{"$lookup":{
"from":"clients",
"localField":"missions.clients.client",
"foreignField":"_id",
"as":"missions.clients.client"
}},
{"$addFields":{"missions.clients.client":{"$arrayElemAt":["$missions.clients.client",0]}}},
{"$group":{
"_id":{"_id":"$_id","mission_id":"$missions._id"},
"agent":{"$first":"$agent"},
"title":{"$first":"$missions.title"},
"clients":{"$push":"$missions.clients"}
}},
{"$group":{
"_id":"$_id._id",
"agent":{"$first":"$agent"},
"missions":{
"$push":{
"_id":"$_id.mission_id",
"title":"$title",
"clients":"$clients"
}
}
}}
])
