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Como faço para classificar uma coleção com base em valores em uma matriz


Como você já deve ter tentado, você não pode especificar um item específico dentro de um array como uma "chave" para "classificar" com um simples find. Para isso, você precisará do método agregado para obter as chaves que deseja classificar.
db.exam.aggregate([

     # Unwind to de-normalize
     { "$unwind": "$result" },

     # Group back to the document and extract each score
     { "$group": {
         "_id": "$_id",
         "result": { "$push": "$result" },
         "useruid": { "$first": "$useruid" },
         "exam_code": { "$first": "$exam_code" },
         "ess_time": { "$first": "$ess_time" },
         "Total": { 
             "$max": {
                 "$cond": [
                     { "$eq": [ "$result.subject", "Total" ] },
                     "$result.score",
                     0
                 ]
             }
         },
         "Physics": { 
             "$max": {
                 "$cond": [
                     { "$eq": [ "$result.subject", "Physics" ] },
                     "$result.score",
                     0
                 ]
             }
         },
         "Mathematics": { 
             "$max": {
                 "$cond": [
                     { "$eq": [ "$result.subject", "Mathematics" ] },
                     "$result.score",
                     0
                 ]
             }
         },
         "Chemistry": { 
             "$max": {
                 "$cond": [
                     { "$eq": [ "$result.subject", "Chemistry" ] },
                     "$result.score",
                     0
                 ]
             }
         },
         "Biology": { 
             "$max": {
                 "$cond": [
                     { "$eq": [ "$result.subject", "Biology" ] },
                     "$result.score",
                     0
                 ]
             }
         }
     }},

     # Sort on those scores
     { "$sort": {
         "Total": -1,
         "Physics": -1,
         "Mathematics": -1,
         "Chemistry": -1,
         "Biology": -1
     }},

     # Project final wanted fields
     { "$project": {
         "result": 1,
         "useruid": 1,
         "exam_code": 1,
         "ess_time": 1
     }}
])

Então aqui você "extrai" os valores correspondentes usando o $cond operador dentro de um $max depois de desenrolar o array. Os documentos desnormalizados não têm todos os mesmos valores, pois agora representam os itens na matriz, então você os testa.

Com essas chaves extraídas, você pode classificar seus documentos inteiros novamente e, finalmente, descartar esses campos, pois não precisa mais deles.