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console.log não mostra as propriedades esperadas do objeto


Você provavelmente tem um objeto Document em vez de um objeto simples. Eles têm um toJSON personalizado método que produz apenas as propriedades do seu esquema e o _id , mas nada mais. Se você estiver copiando esse método com seu loop for no appointment objeto, ele também será serializado de forma diferente quando registrado.

Tentar
for (var key in appointmentsDB[i].toObject()) {
    appointment[key] = appointmentsDB[i][key];    
}

appointment.test= "res";

console.log(appointment);